En la clasificación de hongos, existen los hongos superiores e inferiores, pero en este caso mencionaremos únicamente los superiores ya que, son los que se observan a simple vista y, como consecuencia, recolectan; tratándose de Ascomycetes y Basidiomycetes.

Los Ascomycetes se caracterizan por poseer ascas (células donde se forman las esporas), que vienen a ser unos sacos alargados, donde se almacenan las esporas o ascosporas hasta su maduración. Generalmente son saprófitos que viven sobre materia vegetal muerta o bajo tierra. Las familias dentro de los ascomycetes más interesantes para el recolector son Morchellaceae, Pezizeae y el género tuber.

Los Basisiomycetes se caracterizan porque la forma de reproducción parte de los basidios, que en este caso suele tener forma de maza y a los que se unen las esporas o basidiosporas mediante esterigmas que son pequeñas prolongaciones en forma de cuerno. Entre los basidiomycetes encontramos la mayoría de los hongos conocidos y recolectados en Sierra de Gata, dentro de los cuales se encuentran las principales especies más apreciadas por los aficionados al micoturismo, y se encuentran representados principalmente en los órdenes Agaricales, Russulales, Boletales y Aphyllophorales.